明朝天启三年十月十二日正申时,憨山大师于广东曹溪端坐而逝,世寿七十八岁。当天夜里,群鸟悲鸣。并有毫光冲天,照亮夜空。四众哀恸,声震山谷。

大师灵体三天以后依然栩栩如生,面皙唇红,手足绵软,如入禅定。憨山大师灵龛于第二年正月二十一日归匡山。因匡山地多阴,不便安葬,经二十年后又从匡山重返广东曹溪。大众开灵龛瞻视,见大师结双跏趺坐,面色鲜红,爪发犹生,衣服尚新,只是开龛以后立即见风零星飘碎。当时有一僧人建议依天竺的方法,用海南栴檀末涂其体。众人同意他的作法,此僧人涂罢以后即离去不见。

然后弟子们恭恭敬敬为大师肉身披上了千佛衣,供奉于憨山寺内。现在,憨山大师与六祖慧能的肉身并列供奉于曹溪南华寺内。两大菩萨以不朽肉身默默昭示着后人。